В дальнейшем участки некроза кости, находящиеся в очаге нагноения, подвергаются секвестрации. При образовании секвестров заживления не происходит и процесс переходит в подострую стадию, длящуюся 1-6 месяцев. Отличительной особенностью этой стадии являются отграничение очагов нагноения с образованием вокруг них гноеродной оболочки и начальные явления секвестрации, а также распространение нагноения на периост. Размеры очагов нагноения, их локализация и другие особенности в подострой стадии остеомиелита зависят от того, какое распространение получил нагноительный процесс в остром периоде. С. М. Дерижанов отмечает, что в подострой стадии свежих очаюв некроза не образуется; следовательно, размеры и локализация секвестров также определяются распространенностью некротических процессов в остром периоде. При рентгенографии гнойные очаги выявляются достаточно четко не только в метафизе, но и в диафизе пораженной кости. С. М. Дерижанов считает, что это связано не с дальнейшим распространением воспалительного процесса, как думают многие исследователи (Лексер и др.), а с выявлением ранее возникших изменений, что обусловлено прогрессирующей рарефикацией кости вокруг очагов нагноения.
